A „Magyar passió” a második világháború után megszilárduló kommunista diktatúra egyik emblematikus intézkedését járja körül – a szerzetesrendek és az ÁVH egyenlőtlen küzdelmét a fiatalság befolyásolásáért, illetve a hívek megtartásáért. A kor nagy karakterei olyan mártírok voltak, akik „nem hajlottak meg, hanem törtek”.
A legnagyobb akadályt a kommunista ideológia korlátlan sulykolása előtt az erős tömegmozgalmi, ifjúsági bázissal rendelkező egyházi iskolák és azok működtetői, a szerzetesrendek jelentették.
A megtörtént eseményeken alapuló film a fenti történelmi küzdelem átélését célozza meg - személyes sorsokon keresztül. A film középpontjában az ÁVH által foglyul ejtett szerzetes, Leopold atya és a vallatótisztje, a fiatal Keller főhadnagy párharca áll.
Az ÁVH koncepciós pert tervez Leopold atya ellen, hogy példát statuáljon, a párt parancsa értelmében. A vallatásokra a fiatal, egykor kirúgott diákját, Keller ÁVH főhadnagyot szemelik ki. „Ne csak őrizd, gyűlöld is.” – az ÁVH-s mottó jegyében dolgozó Keller a vallatások során azt veszi észre magán, hogy a gyűlölet helyett az együttérzés növekszik benne. Leopold atya egyre durvább vallatásaival Kellernek saját erkölcsi határait kell átlépnie.
Leopold a szikla szilárdságával állja a csapásokat egészen a végkifejletig. Keller, a vallató tiszt, a kirúgott diák, látva egykori tanára, Leopold atya szenvedését, meghasonlik. Az atya vallatásának stációiban Krisztus szenvedései köszönnek vissza.
A történet a következetes helytállásról, a hitről, a meghasonulásról és a mártíriumról szól.